化糞池的化糞需要兩道程序完成。及時池子是積累新鮮糞便。因為新鮮糞便容易堵塞排污管道，所以經過糞便積累池進行一段發酵后，將大部分糞便發酵稀話。然后通過留有的洞口進入隔墻的另一個池子，及二級發酵池進行進一步發酵，直至排查的糞便大部分成為流體。這樣就不會堵塞排污的主管道。這個過程人們形象的稱為化糞。但所有的糞便都不會完全發酵成液體，還有一部分固體的沉淀。這就是過一階段就需要清理化糞池一次的原因。